CMOS-MEAシステム専用の解析ソフトウェア

CMOS-MEA-Tools 解析用ソフトウェア



※CMOS-MEAシステム専用のソフトウェアになります。


データオフライン解析

 

CMOS-MEA5000システムで収集された膨大な量のデータを解析するために、スパイクヒストグラムを生成し、活動電位が得られている箇所を効率的に見つけ出します。また疑似カラーマッピングによって、シグナルの伝播や反応を視覚化でき、ROI選択によって波形が表示されます。

スパイク検出は、独立成分分析(ICA)に基づくスパイクソーティング、およびSTAの抽出は完全に自動化されています。 さらに処理をスピードアップするために、1つまたは複数のファイルをバッチモードで処理したり、WindowsまたはLinux用のクライアントで分散ネットワーク処理を使用することもできます。

結果は、Matlab、Pythonなどと互換性を持つHDF5ファイル形式で保存されるか、ASCII CSVにエクスポートできます。 



アクティビティーヒストグラム

 

CMOS-MEAシステムで取得したデータを読み込み、自動で記録された継時変化でのスパイク量と疑似カラーマッピングを表示し、時空間でのスパイク情報を視覚化できます。これによりユーザーは簡単に見たい時間、電極箇所を見つけることができます。

スパイク活動の時空間情報



フィルター設定

 

取得した生データから適切なフィルターを自由に選択・組み合わせることができます。

フィルターパイプライン



スパイク検出

 

ノイズレベルからの閾値を設定して、自動でスパイクを検出します。検出されたスパイクは疑似カラーマッピング、スパイクの切り出し、ラスタープロットとして表示されます。

スパイク検出によるスパイク切り出しとラスタープロットの表示



スパイクソーティング

 

完全自動化されたスパイクソーティングのアルゴリズムは、Leibigらの報告に基づいて作られています。マウス操作で神経細胞単位を識別することができます。

クライアントソフトウェアを使用すると、ネットワーク内の複数のコンピュータでパフォーマンスを重視した並べ替えタスクを同時に実行できます。

Leibig et al., J. Neurosci. Meth., 2016

 

ICA分析によるスパイクソーティング



スパイク・トリガード・アベレージ (Spike Triggered Averages, STA)

 

STAは、通常はノイズに隠されている軸索信号のように、特定の電極上の各スパイクに相関する応答を検出することができます。 進行中の軸索信号は、視覚化して動画ファイルとして保存することができます。



CMOS-MEA-Toolsインストーラー

https://www.multichannelsystems.com/software/cmos-mea-tools

※MCSオリジナルサイトです。(英語)